当时南京刚刚被武力收复，太平军残留下的士兵投靠到捻军那里的有上万人，他们又转移到河南、山东，掠夺这些地方的城市。同治四年（一八六五年）春天，僧格林沁下定决心要率领骑兵追杀捻军的首领，一整天行军三百里。到了曹州后，他的部下有很多人情绪怨愤。四月二十五日，僧格林沁不小心中了捻军首领的圈套，大败，他坚持抗争，不小心从马上坠落摔死了，整个朝廷震惊，对他进行了沉痛的哀悼。朝廷火速任命曾国藩做钦差大臣，监督操办直隶、山东、河南的军队事务，不久又任命李鸿章任职两江总督，作为曾国藩的后勤保障。

从前官军对捻军的作战方略只有追击这一种，常常辛苦费力却没什么成就和功劳，虽然有时也会堵截一下，但也仅仅是小修小补。我们进一步说，无论是进攻还是防守，不是苟且作战，给了敌人实力增长的机会，就是急躁冒进，没有对于全局的规划和自己的谋略，最后使自身的兵力受损，从来没有站在全局的角度，做全盘打算，根据当地的实际情况，制定符合此种情况的作战方略，所以打了十几年的仗，都没有什么成就。自从曾国藩接受使命以来，才开始制定围剿敌人的长远的规划策略，他说一定要先把敌人都驱赶到一小块儿地盘上，然后就可以聚集优势兵力一起歼灭他们。李鸿章按照曾国藩说的做了，终于平定了中原。

曾国藩是一个称得上君子的人，总是用兢兢业业、持盈保泰、急流勇退的信条来进行自我鞭策。南京被他们用武力收复之后，他平生的志向已经实现了，所以就希望功成身退。等到僧格林沁阵亡，捻军的气势快要逼迫到京畿地区时，情况十分危急，曾国藩在危急关头，朝廷都快要战败的时刻接受任命，义不容辞，所以又勉强接受这项重任。但是他自己深刻地认识到，湘军的颓废现象已经非常严重，恐怕不能再打仗了，所以就把他们撤下来，而只用淮军赶赴前线杀敌。原来曾国藩刚刚接到这项任命时，他内心想把这个职位让给李鸿章，让其成就功业，这个愿望已经存在很久了。等到了同治五年（一八六六年）的十二月，他因为身患疾病辞去职务，然后朝廷命令李鸿章做代理钦差大臣。曾国藩回到了两江总督的职位，负责后勤保障等事宜。

李鸿章围剿捻军的战略战术是这样的，他认为捻军已经在流落逃亡，只要设法阻止他们继续流窜，然后集中兵力对他们进剿就可以，这算得上是最好的策略。明代的孙传庭曾经说，剿灭逃亡的贼寇应当一直驱赶他们到非常困难的绝境，在他们快要不行了、坚持不住时再追杀他们，如果不这样的话，在各自都非常强盛的时候靠激烈的战斗分胜负，那么就算是打赢了也不可能彻底消灭流窜的贼寇。李鸿章明白这个道理，所以同治四年十一月，他曾经上奏圣上说，必须把他们逼到地形复杂的地方，故意放弃那些地盘，引诱他们进去，再集合各个省份官兵的力量，从三四个方向围住他们、困住他们，后来这项任务大功告成，这个方法确实是非常有效的。