那一年五月的时候，任柱、赖汶洸等大批人马深入山东地区。李鸿章命令潘鼎新、刘铭传拼尽全力追捕，想要把他们逼到登莱海的一角，然后想办法在胶州、莱州的交通要道围困他们，使得他们无法向北逃窜到京城，向南不能蔓延到淮南去。六月的时候，李鸿章亲自去济宁统兵作战，分析了形势之后，认为任柱、赖汶洸那些人都是经历过上百场战斗后保存下来的精锐，里面还有游兵和单独招募的勇士，既狡猾又十分剽悍，让人无法轻视，如果还没有准备好足够的兵力就去围剿，逼他们过紧，留给他们的地方又过于狭小，让他们看出这其中的计谋，他们一定会着急往外逃窜，迅速跳出包围圈，那么到时候整个局势就会再次不利。于是，李鸿章等制定政策先防止他们把运河作为逃出去的路线，以此来截断东捻军的退路，然后控制住胶莱，截断交通要道。但是山东巡抚丁宝桢一心想要把贼寇驱逐出山东省，对李鸿章的战略措施表示强烈的不满。七月的时候，敌人的军队突然攻打潍河，东边省份看守的将领王心安只是驻守躲避在庙里，放任敌人的军队偷渡，于是胶州、莱州的防线逐渐崩溃。那时候诽谤声纷起，朝廷对李鸿章的责备越来越严厉，甚至出现了改变战略的建议。李鸿章又上奏朝廷，认为捻军围绕着运河来来回回侵扰，政府派官兵分不同的方向驱逐他们，那些地方虽然受到蹂躏，但是受害的地区只不过是几个府县；如果把他们驱赶到运河以西，那么将会有更多的省份受到无穷无尽的侵害，同样都是国家的土地，同样都是天朝的子民，这样说未免就太歧视那些地方了。朝廷这才坚持之前的战略，没有更改。十月十三日的时候，刘铭传在安邱、潍县之交的地方和捻军打仗，获得了胜利。二十四日的时候，刘铭传追击到赣榆，和骑兵统带善庆并肩作战，在战斗中杀死了任柱，于是东捻的势力就衰落了下来。

二十八日那天，潘鼎新在海州上庄和敌人决一死战，击毙了很多剽悍的捻军。十一月十二日的时候，刘铭传、唐仁廉等人在潍县、寿光侧面包抄敌军整整一天，敌人军心动摇，来投降的越来越多。此后郭松林、杨鼎勋、潘鼎新每场战斗都取得了胜利。到了二十九日的时候，刘铭传、郭松林、潘鼎新这些人，偷偷追了七十里路，追到了寿光弥河那边，开始与敌军交战。大战了十几个回合，又往前追了四十几里路，斩除俘获一共大概三万人，捻军精良的武器装备、骡马等一股脑儿全丢下了。李鸿章在上奏的折子里，说了“战士们回到军营后，我亲自前去看望安慰他们，他们看上去都饥饿疲惫，劳累过度，脸上没有血色”这样的话。赖汶洸在弥河那场战斗中失败后，掉进了河里，但是没有死，又再次集结了几千名骑兵，冲出了六塘河的防线。黄翼升、刘秉璋、李昭庆等人率领水军、步兵和骑兵跟在后边穷追猛打，赖汶洸的队伍只剩下几百人，被他们逼到了高室水乡。李鸿章先前派出的统率华字营的淮军勇士吴毓兰，正好在扬州的运河阻拦防守。各支部队合力，前面拦截，后面追击。十二月十一日，吴毓兰活捉了赖汶洸，东捻军就全部被解决了，鲁、苏、皖、豫、鄂五个省份的乱军都被肃清了。