但好景不长，由于居功自傲的“孔代亲王”与马扎然争夺地位而再度起兵反叛，爆发“第二次投石党之乱”。孔代占领巴黎，路易十四和皇后再次逃亡。最后由于孔代无法收拾残局而失去信任，国王和皇后才得以再度入主巴黎。两次暴乱和流亡生活给年少的路易十四留下很深的心理阴影，促使他日后把掌握绝对权力视为政策的中心。也正是“第二次投石党之乱”期间，他宣布亲政。

路易十四执政生涯的第二个阶段是路易亲政马扎然辅政时期。投石党叛乱结束后，路易十四亲掌大权，重新召回马扎然。马扎然在经济、文化等各方面全面恢复法国的秩序。更重要的是，马扎然通过联合英国，打败西班牙，迫使其签订《比利纽斯和约》，西班牙不仅割让给法国大量土地，菲利普四世国王还答应将其女儿玛丽亚-；特里萨嫁给路易十四，并送给女儿一笔50万的嫁妆。尽管路易十四生性浪漫，一生结交了亨利埃塔-；安娜、路薏丝、蒙特斯班夫人等情妇，但始终与王后保持着稳固关系。这桩婚姻紧紧维系着法国和西班牙的纽带关系，并为最后法国王室入主西班牙埋下伏笔。马扎然生前帮助路易十四确立了法国的强大地位，并成为法国历史上最能干的首相。马扎然临死前，建议路易十四不再设立首相，实行国王大权独揽的政策。

路易十四执政的第三个阶段是真正的亲政时期。这一时期，路易十四吸取投石党之乱的教训并接受马扎然的建议，开始树立绝对君主的权威，并四处征战，开疆拓土，确立法国霸主地位。

首先，政治上，他宣布废除巴黎和地方高等法院讨论国王敕令的权力，并停止召开全国三级会议，通过把各地贵族集中到凡尔赛宫的方法，削弱地方权贵实力，任命中产阶级领袖担任政府重要官职。他亲自主持国务会议、政务会议和财政会议，并掌握最终政策的决定权。