五月的时候，一股捻军向西北逃窜，各部队分别阻击他们，多次获得胜利。李鸿章于是趁着黄河水上涨泛滥的时候，缩小了包围圈，把运河当作外面的包围圈，而把恩县、夏津、高唐的马颊河，截长补短，作为内部的包围圈，把窃贼逼迫到西南方向，一层一层设置圈套。五月到六月中旬的时候，各部队依次取得战斗的胜利，敌人的气势迅速衰落，投降的和散落的渐渐多了起来。六月十九日到二十二日，政府军队乘胜追击，每次战斗都获得了胜利。二十三日，张总愚渡河向西南方向逃亡流窜。二十四日，从平原逃向高唐。二十五日，潘鼎新追了他们一百二十里，冒着大雨到达了高唐县。这时候捻军已经逃向博平、清平一带，想要偷袭运河，但是政府官军早就在马颊河西北岸修筑了长墙几百里，足以困住捻军了，等到捻军发觉的时候，他们已经进入了埋伏的地方，可以逃跑的地方越来越狭窄，马上就要陷入绝境。那时候各部队已经追了很久，疲劳乏累，于是李鸿章就派刘铭传率领生力骑兵前来参战，官军的士气顿时大振。二十八日，他们把敌人围困在黄河、运河之间的狭小地区，刘铭传调集骑兵、步兵进行攻击，追出去几里地。捻军恰好遇到东边来的郭松林的部队拦住他们的去路，又恰好赶上河道分叉，水流湍急，河里有泥，很容易陷进去。刘铭传、郭松林两军的马队有五六千人，交叉合作，一起对敌人进行攻击，擒获和斩杀的敌军数都数不过来。张总愚仅仅带着手下的十个人向北方逃跑，很快便投河自尽。西捻军被肃清了，中原恢复了和平。当年八月，李鸿章进京觐见皇上。