先是程学启围剿嘉兴（从那一年的正月开始）非常紧急，嘉兴城中驻守的士兵与政府官军针锋相对，两军交战，死伤都很惨重。二月十九日，程学启激励手下的将士们，一定要尽快地攻占这个地方，打败敌人，结束战斗，于是程学启亲自冲锋陷阵，越过浮桥，爬上攻城的云梯。在城上的敌军死死地守着，一直朝着他们射击，打来的子弹多得像下雨一样，忽然一颗子弹飞过来，打中了程学启的左脑，他摔倒在地。副将刘士奇看见了，立刻顶上，代替主将程学启监督部队，并率先登上了城楼。战士们化悲愤为力量，勇气瞬间高涨百倍。而潘鼎新、刘秉璋等人也通过水、陆交替前进，最终攻占了嘉兴。

程学启被打伤后，躺在床上治疗了二十多天，还是不见好转，最后在三月十日逝世，被赐予“忠烈”的称号。李鸿章悼念他的时候，痛哭流涕。

嘉兴这个地方被政府以武力收复后，在杭州的敌军气焰一下子变得非常低落，在二月二十三号的时候（二月十九日嘉兴被收复），敌军的主力趁着晚上从北门全部撤出城里。左宗棠的军队在三月二日的时候进入杭州城，从此，苏军（李鸿章的军队）和浙军（左宗棠的军队）的部队合兵一处，成功会师。